Tendrá su segunda etapa en el club América
En su primer año con Las Águilas logró que la escuadra compitiera en la Copa Libertadores 2000, en la cual Cuauhtémoc Blanco destacó por sus goles y el equipo llegó hasta las semifinales, escenario en el que perdió ante Boca Juniors.
Pero fue hasta el torneo del verano de 2002 cuando la escuadra logró acabar con la racha sin títulos y se coronó campeón. Su primera etapa con América duró hasta 2004.