Marcelo llegó a un acuerdo con la Asociación Uruguaya de Fútbol
Desde ese momento dirigió al Newell’s Old Boys, a los mexicanos Atlas y América, a Vélez Sarsfield, a los españoles Espanyol y Athletic Club, a los franceses Olympique de Marsella y Lille, así como también al inglés Leeds United.
También fue seleccionador de Argentina en el período 1998-2004 y de Chile entre 2007 y 2011. Con la Albiceleste conquistó la medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Atenas 2004.
Uruguay mantiene vacante el cargo de seleccionador desde la salida de Diego Alonso, quien asumió su cargo el 15 de diciembre de 2021 tras la salida de Óscar Washington Tabárez y lo dejó luego del Mundial en el que la Celeste no superó la fase de grupos.
